bonjour  
je voudrais savoir la différence qu'il y a entre la bibliothèque MFC et ATL  
vous me conseillerai quelle bilbiothèque ou quelel langage pour conecvoir des ihm sur pc et pda

MFC est un ensemble de classes encapsulant l'API Win 32, et ajoutant certains trucs comme le document/vue, la sérialisation, les collections, etc...
ATL est davantage un framework, basé sur des templates, dont la vocation première est de créer des composants COM

avec les MFC on puet créer uniquement du code sur Windows ou on peut faire tourner les applications sur linux ou telephone portable?

MFC ne permet de faire du code que sous Windows. Si tu veux faire des applications multi OS, utilise une autre librairie portable comme GTK, QT, etc... Ou utilise Java.
Quant aux tél portables, il me semble mais je suis pas un expert, que leurs applications ne sont faites qu'en Java