En ce qui concerne ton choix de système de fichier, il y a 2 choses à savoir :
- FAT32 : Vitesse d'écriture
- NTFS : Vitesse de lecture
Le système de fichier NTFS permet certaines fonctionnalités comme le cryptage et l'indexation, ce qui peut être un avantage. Cependant, seuls Windows NT4/2000/XP peuvent le lire.
Le système de fichier FAT32 est lisible par tous les système Windows à partir de Windows 98SE.
D'autre part, si tu utilises Linux, il faut savoir que l'écriture sur une partition NTFS n'est pas possible (enfin, c'est possible, mais c'est encore en développement, donc pas totalement "sûr" ), donc si tu es amené à utiliser Linux, vaut mieux garder une partition FAT32 pour le partage des données entre les 2 systèmes par exemple. Si tu n'utilises pas Linux, tu peux tout partitionner en NTFS.
Il est possible de passer du FAT32 au NTFS avec Windows XP (mais attention, l'opération est irréversible à moins d'un formatage) avec la commande "Démarrer -> Exécuter -> Convert c: /FS:ntfs"