Bon, voili comment j'ai résolu le problème :
En fait, on peut installer GRUB sur le MBR du SATA2. C'est ce que j'ai fait la première fois, mais soit j'ai merdé quelque part, soit l'installeur d'Ubuntu est buggé au niveau du choix de l'emplacement de GRUB car au reboot, ce dernier se lance correctement, mais est incapable de lancer ni Ubuntu ni Windows. Bon.
Donc ma solution : Débrancher les disques Windows et installer Ubuntu sur l'unique disque connecté. Ensuite, faire F8 au démarage de l'ordi et choisir le disque de boot via l'utilitaire du BIOS de la carte mère. On se passe ainsi partiellement des services de GRUB et on pourra toujours le configurer plus tard pour qu'il gère l'ensemble des procédures de boot. Je ne le ferai pas
Par contre, j'ai découvert un truc curieux concernant la gestion du SATA par Ubuntu : en fait, quand on l'installe sur le SATA2 et qu'aucun autre disque n'est connecté, il considère que son disque est le (sda). Bon. Mais quand on rajoute un disque sur le SATA1, rien ne va plus. Il boote correctement, mais n'est plus capable de monter ses propres partitions qu'il ne retrouve plus : j'en déduis que le (sda) correspond donc au disque nouvellement branché sur le SATA1. C'est étrange. La solution a donc été de brancher le disque de Windows sur le SATA2 et ainsi, tout fonctionne parfaitement et Windows a tout juste un peu couiné et réclammé un reboot d'usage pour 'installer les nouveaux périphériques'.