Je viens de virer tout ce qu'il y avait sur un disque dur (même les fichiers "cachés" ) puis vidé la "corbeille".
Un oeil sur gParted et :
 

 
Que peuvent être ces 3.11 Go occupé alors que mon disque est sensé être "vide" ?

Probablement la table d'allocation du système de fichiers.

C'est ce que je fini par croire (mon incompétence me fait douter de beaucoup de choses...) ; j'ai formaté (haut puis bas) et finalement après formatage en EXT3, exactement le même schéma.
 
Donc c'est sans doute le système de fichiers.

man mkfs.ext3, option -m