En général, on installe ce genre de carte pour gagner en performance. Pour reconnaitre un disque de plus grande capacité que ce que permet sa cm, ou pour accéder au DMA100 ou 133.
Il vaut mieux dans ce cas monter les matos rapides sur la carte plus performante, et conserver les peripheriques lents sur les ports d'origine.
Sinon, il n'y a pas d'incompatibilité connue entre une carte IDE PCI et les lecteurs de cd.