Moi j'ai déjà eu ça (sous Win98 = FAT 32) deux fois. Une fois j'avais eu un hard reboot (le logiciel de TV faisait rebooter la machine pendant l'écriture -> FAT flinguée).
Tu peux essayer de récupérer avec scandisk mais c'est pas gagné.
En tout cas, contrairement à ce que beaucoup prétendent, Windows n'a pas besoin de virus pour niquer ses tables de partition (c'est pour ça que je suis passé à Linux pour pouvoir regarder la télé et compresser des divx en même temps).