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  Quel processeur pour de la modélisation moleculaire?

 


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Quel processeur pour de la modélisation moleculaire?

n°4047297
yabon_gork​y
Posté le 02-05-2005 à 12:02:17  profilanswer
 

Bonjour,
 
Je suis amené à changer de config de travail et je me demandais quels étaient les meilleurs processeurs à l'heure actuelle entre les Prescott et Athlon 64 (Dual-Core hors-budget à priori mais pourquoi pas) pour une utilisation strictement scientifique (pas de jeu de video ni rien de tout ca) afin de faire de la modélisation (gros calculs complexes de dynamique moleculaire, etc. )
 
Et parallèlement je me demandais si la quantité de RAM avait une importance pour une telle utilisation (je ne mettrais pas non plus 256 Mo de RAM :p ). Je ne pense pas mais je prèfère demander ;)
 
Je précise qu'il n'y aurait qu'une grosse appli de modélisation qui tournerai avec en parallèle des broutilles style boîte mail, traitement de texte, navigateur web. Donc pas de gros multitache.
 
Pour ceux qui n'auraient pas compris c'est de la puissance de calcul pure qui m'interesse ;)
 
D'avance merci
 
PS: Le PC tournerai sous Linux et le logiciel utilisé serait plus particulièrement AMBER si quelques uns sont familiers.
 
PPS: Si vous avez des liens vers des tests ou comparatifs qui peuvent m'éclairer je suis preneur aussi :)


Message édité par yabon_gorky le 02-05-2005 à 12:03:14
mood
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Posté le 02-05-2005 à 12:02:17  profilanswer
 

n°4047554
Silicium77​7
█▓▒░ 20 ans sur HFR! ░▒▓█
Posté le 02-05-2005 à 13:38:12  profilanswer
 

Salut !
Pour de la modélisation moléculaire, il faut une FPU très performante, donc orientez-vous vers un Athlon 64 sans hésiter. Du Socket 939 est préférable pour des raisons de pérennité (upgrade ultérieur possible). Ou alors un Opteron, le même CPU en version pro, mais ce n'est pas le même prix. :D
comparatif CPU 4000+ & cie sur hardware.fr
Un 3500+ ou 3800+ devrait faire l'affaire, m'enfin ça dépend du budget.
 
Pourrais-je avoir un lien sur ce logiciel de modélisation?


Message édité par Silicium777 le 02-05-2005 à 13:39:20

---------------
bench's: TropicsValley
n°4047564
Elmoricq
Posté le 02-05-2005 à 13:41:16  profilanswer
 

Pour répondre à la question de la RAM : il faut la quantité demandée et par Linux (+ tout ce que tu fais tourner avec comme daemons et programmes), et ce que demande ton logiciel de calcul à l'utilisation (voire après quelques heures de calculs, bref en "vitesse de croisière" ).
 
Après, comme je ne connais pas du tout ce logiciel, je ne saurais pas te répondre, mais a priori (et donc à prendre avec des pincettes), 1Go ou 1.5Go devraient être suffisants.
Un logiciel de calcul n'a pas forcément besoin de beaucoup de mémoire, une fois les buffers remplis il lui faut que de la puissance brute.

n°4047596
yabon_gork​y
Posté le 02-05-2005 à 13:58:03  profilanswer
 

Merci pour les infos :)
 
En ce qui concerne le proc, je posais la question, car je m'étais laissé entendre que les Pentium étaient plus performants que les Athlons en puissance brute. Mais ca m'arrange si les Athlon 64 sont plus puissant, vu que je connais déjà pour en avoir un à la maison ;) (bah oui faut bien jouer aussi :D ) et j'aime bien AMD. Je ne suis pas un noob en info et je connais très bien les AMD et leurs différents Socket, mais je suis beaucoup moins familier d'Intel.  
C'est pour ca que je prèfère demander vu qu'avant je ne m'interessais pas particulièrement à ce type de fonctionnalité.
 
Pour la mémoire c'est bien ce que je pensais et le logiciel n'est pas trop gourmant donc je pense qu'1Go sera largement suffisant.
 
Et voila le lien pour AMBER : logiciel universitaire de modélisation pour les proteines et acides nucléiques (la licence coute entre 200 et 500 roros, pas cher pour ce type de logiciel)

n°4047605
Fraisouill​e
Grouik Grouik
Posté le 02-05-2005 à 14:00:50  profilanswer
 

POurquoi est-ce que tu poses pas directement la question à l'éditeur du logiciel ? A priori, ce sont les mieux placés pour répondre...


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