Est-ce que ce sont des petits fichiers?
Une piste serait de les mettre dans un zip ou un rar (même sans compression), sur disque dur, et ensuite de copier le résultat.
En fait, la mémoire flash est lente, en écriture. De plus les blocs sont très gros (128Ko ou plus), l'effacement d'un bloc coûte cher. Ecrivons de manière naïve 40Ko puis 17Ko : on risque d'écrire le bloc une première fois pour y mettre les 40Ko, puis de l'efficacer pour y récrire les 40Ko + 17Ko (+71Ko de données vide ou "poubelle" dans le bloc).
Un SSD comporte un contrôleur pour éviter de faire ce genre de bêtises (mais après il doit faire le ménage et/ou garder trace de tout ça) ; surtout il va utiliser 8 ou 10 puces de flash en parallèle par exemple, et de la flash de meilleure qualité.
Donc avec une clef USB à bas prix standard : il n'y a rien à faire, c'est lent en écriture. Faut être patient, écrire des gros fichiers (des MP3 de 3Mo sont déjà plus ou moins des gros fichiers, quoiqu'on a l'air de sentir la pose entre chaque fichier - le temps que le fichier écrit soit fermé)
Pour écrire plus vite il faudrait une clef USB haut de gamme, voire SSD USB (ce qu'une clef haut de gamme pourrait être), voire un disque dur USB.
Il existe quand même une piste : reformatage de clef USB pour que la partition ou le système de fichier soit mieux alignée. Ca marche dans certains cas, faut un logiciel de formatage et des informations sur quelle "géométrie" de partition utiliser. mais faut pouvoir trouver ça et en particulier identifier la puce de flash, je ne vois pas comment de prime abord.