1) Sauf si tu fais du raid software, rien ne t'empeche d'utiliser les memes disques pour faire un RAID1. ça pourrait être plus pratique. Enfin, bon c'est juste une remarque.
2) Tu peux faire un multi boot sans pb. Si tu veux 2 OS purement indépendant, il te faudrait faire l'install de chaque OS avec les disques de l'autre débranchés. (il faut faire gaffe à Windows XP qui a tendance à se répendre lors de l'install)
Apres, pour le boot, il te reste la solution de choisir le device via le bios. A noter que si ton bios n'est pas pratique pour ça, tu peux toujours installer un bootldr style grub ou lilo sur ta partition windows. Ainsi, tu dis dans ton bios de booter sur le disque windows, et apres, tu as le choix entre Linux et Windows. Rien ne t'empeche en plus de cela de mettre aussi un lilo ou un grub sur le disque Linux pour que celui-ci soit réellement indépendant.
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PeK