Tu disposes de quelle version d'Illustrator ?
Lorsque tu ouvres un PDF dans Illustrator, il te demande de sélectionner la page à éditer. Ensuite, il analyse cette dernière. Si les polices complères n'ont pas été intégrées (jeux partiels de polices), une boîte de dialogue te le signifie et t'explique que les polices manquantes seront substituées. Résultat : ton doc est massacré. Il te faut donc installer sur ta machine l'ensemble des fontes utilisées dans ces documents, ce qui permettra à Illustrator d'utiliser ces dernières au lieu des jeux partiels incorporés. Ceci te permettra également de retoucher le texte, au cas où.
Tu peux maintenant importer ton logo. Une fois ton doc ok, menu "Fichier" > Enregistrer sous..." > tu sélectionnes le format PDF dans le menu puis, dans la boîte de dialogue Adobe PDF, tu sélectionnes depuis le menu "Paramètre prédéfini Adobe PDF" le profil "Taille de fichier minimale" ou "Affichage écran" (les noms sont différents au fil des versions d'Illustrator) > valider afin d'exporter ton PDF.
Reste à tester ton doc dans Reader afin de vérifier sa qualité. Si le logo est pourri par exemple, c'est probablement parce que tu ne l'as pas intégré en vectoriel ou que l'option de lissage des graphiques est désactivée (dans Reader). Si la colorimétire est à chier, vérifies les options d'export afin d'intégrer un profil... N'oublies pas également que ton doc doit être en mode RVB.