Financièrement, il n'y a pas photo, hormis pour un employé pépère expérimenté avec un salaire correct (> 70 K) ou une facturation J/HT minable.
Mais il faut voir à long terme : si c'est une mission de 3 mois avec risque qu'elle ne soit pas renouvelée (petit projet, faible budget, ...), c'est trop risqué.
Je ne connais personne s'étant mis à son compte après avoir été employé quelques années qui l'a regretté, vu le changement de niveau de vie...