Son coût, qui paraît être très élevé, reste au final inférieur au 21 ou 23 millions de dollars dépensés au total au cours de leur vie par les patients aux États-Unis, selon une étude publiée dans le Journal d’économie médicale en 2021, repérée par le média The Huffington Post.  Aujourd’hui, en Europe, le coût de ces mêmes traitements s’élèverait à quelque 9,6 millions d’euros.

Les 184 hommes âgés de plus de 16 ans qui y habitent et une partie des femmes sont fusillés. Les autres femmes sont déportées à Ravensbrück, d'où une bonne partie d'entre elles reviendra.
 
Quant aux 105 enfants du village, leur sort est différent. Une dizaine d'entre eux, dont le type physique correspond aux critères nazis de la « race aryenne », sont placés dans des familles allemandes pour être rééduqués, selon le programme du Lebensborn. Les autres sont d'abord déportés à Łódź, puis envoyés au camp d'extermination de Chełmno, où ils périssent dans les camions à gaz. Seuls 17 survivront.
 
Le lendemain du massacre, les nazis font venir 30 déportés juifs du camp de concentration de Theresienstadt, situé à une quarantaine de kilomètres au nord, et leur font creuser une fosse commune pour y enterrer les cadavres des victimes6.
 
Après le massacre et les déportations, les nazis font en sorte d'éliminer toute trace de l'existence même du village, qui est d'abord incendié. Puis en quelques mois de travaux, le terrain est nivelé à la dynamite, les pierres enlevées, l'étang comblé, la route et la rivière détournées, tandis que le cimetière est vidé de ses morts7.
 
Pour justifier le massacre, les nazis accusent les habitants d'avoir soutenu les auteurs de l'attentat contre Reinhard Heydrich. En réalité, les liens entre Lidice et la Résistance sont assez flous : deux officiers originaires du village se seraient enfuis à l'étranger ; une lettre saisie par les nazis indiquerait que son auteur, venu de Lidice, avait décidé de rejoindre la Résistance. Les nazis ne surent jamais s'il y avait eu un lien entre l'auteur de la lettre et les assassins de Reinhard Heydrich. Lidice servit de bouc émissaire.