Peut être tout simplement une déconnection du disque sans déconnection propre.
Pour une déconnection sans passer par l'os, il suffit de faire un appui long sur le bouton back (situé coté connectique).
La fragmentation n'est a priori plus un problème du moins pour le VE300 qui la gère même pour le boot des iso.
Tu peux regarder rapidement avec un utilitaire simple comme contig pour vérifier si tes iso manquantes correspondent à des fichiers fragmentés.
Sinon pour répondre à ta dernière question, je dirai que le problème ne vient pas d'un dysfonctionnement de ton ZM-VE350.
Tu utilises un SSD?
Après avoir ajouté une iso, faire un refresh (appui long sur la mollette, puis USB connect et enfin refresh)directement sur l'appareil pour vérifier sa présence dans la liste.
Sinon pour être sûr, tu as bien copier les fichiers dans le répertoire _ISO? a priori oui, j'ai lu racine tout court, mais c'était pour dire que tu n'avais pas fait de sous-répertoir je pense.
P.S.: on peut très bien mettre des sous répertoire dans le répertoir _ISO pour allez plus vite si il y a beaucoup d'iso (disponible sur VE350 avec le firmware 1.10_2015.12.09).
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Silence