Si ton fournisseur de messagerie le permet, je te conseille d'utiliser l'IMAP plutôt que le POP3. Les options de "laisser une copie blablabla" énoncées plus haut ne sont pas vraiment adaptées.
Avec une connexion IMAP, tu fais une vraie synchro entre ton (ou tes) clients de messagerie, et le serveur. Ca vous permettra à tous les deux d'avoir toujours la même visu sur la messagerie...aussi bien en terme de messages reçus, que de messages envoyés.
Pour le choix du client de messagerie, si tu n'as peur de rien tu peux te tourner vers Thunderbird. Pour du professionnel, je te conseillerais plutôt Outlook 2003 ou 2007, qui te permettra en plus de gérer ton agenda, tes contacts, des tâches, etc. etc.