Moi je te conseille de la ntfs, tout simplement parceque c est plus securisé (les quotas disque franchement rien a foutre), moi j'avais installé w2k sur une fat32 et en faisant des tests d overclock de mon cpu win avait planté pas comme il fallait et ya eu des erreurs sur le disque, pas de chance ya eu une erreur a la con que scandisk a pas pu corriger comme il faut, resultat : ya un service systeme visisiblement important qui plantait tout le temps (des qu il se lancait quoi) du coup win inutilisable, obligé de reinstaller.. ca fait chier!
Au moins avec de la NTFS j'ai plus eu ce genre de problemes.