Ça se produit souvent quand tu viens de faire un changement important dans ta config, ou après un gros plantage.
Et vérifie que tu n'as pas activé la défragmentation auto des fichiers de démarrage. Cette fonction sert à accélérer le boot, mais en contrepartie ton bureau est bloqué pendant quelques secs pendant la défrag. Ce que tu gagnes d'un côté tu le perds de l'autre.