De l'avis même de l'aide de PartitionMagic, il est fortement déconseillé de laisser Windows 98 voir les autres partitions systèmes bootables.
Si on suit ce conseil, Windows 98 ne verra de toutes façons pas Windows Xp. On peut donc mettre Windows Xp en NTFS.
Par ailleur, il me semble avoir remarqué une meilleure gestion des disques (sur les copies de gros fichiers) en NTFS qu'en FAT32 sous WinXp. Ceci dit, ce n'est qu'une impression subjective, je n'ai fait aucun bench et peux me tromper...