Le gros avantage c'est son intégration parfaite dans un environement Microsoft : directement lié a l'AD et ses utilisateurs, idéal pour exploiter Outlook en réseau, des fonctions pour synchroniser directement les PDA utilisant du MS etc...
L'inconvénient principal, ben c'est un peu la même chose : si t'as pas un environnement full MS, tu perds vite pas mal d'avantage a utiliser Exchange plutot qu'un autre. Et Exchange reste quand même assez cher.
Apres faut aussi voir ce que tu attends vraiment de ton systeme de messagerie, si c'est vrai de la gestion pure et dure de mail sans fioriture y'a pas grand intéret a prendre Exchange par exemple, si a l'opposé tu veux absolument des outils de collaboration/diffusion d'infos tres poussé Domino sera meilleur de ce côté la, etc...