Quand CHKDSK passe sur les fichiers et te les vires c'est que la table d'allocation est corrompue / voire ton fichier...
En NTFS la méthode d'écriture est particulièrement différente de sorte qu'un fichier écrit sur le disque est intègre (méthode transactionnelle)... après évidemment en cas de défaillance du matériel (genre un disque qui est en train de rendre l'âme) l'un comme l'autre foirera, sauf qu'en FAT32 tu risques de mettre plus de temps à t'en rendre compte qu'en NTFS ou il aura tendance à gueuler un peu plus rapidement
Par ailleurs il faut savoir que en NTFS la MFT (= un peu l'équivalent de la table d'allocation) possède une copie à l'identique. Tu as donc deux exemplaires, l'un au début du disque dur et l'autre au milieu, ce qui limite aussi les risques de corruption et de pertes de données.
En cas d'arrêt impropre du système, Windows planifie un CHKDSK au démarrage des unités en FAT16/FAT32, mais ne le fait pas pour celles en NTFS (c'est inutile).