Windows 3.1 n'est pas un système d'exploitation : c'est une interface graphique. Si tu n'installes pas MS-DOS, il ne pourra pas s'installer et ne pourra pas fonctionner.
Pour tes disques DOS, la première doit normalement être bootable. Si ce n'est pas le cas, tu es mal barré.
Va sur www.bootdisk.com, et télécharge une disquette de boot DOS, et démarre dessus. Une fois démarré, copie le contenu de tes deux disquettes MS-DOS dans un dossier sur le disque dur, et essaie de lancer l'installation depuis cet endroit.