ah oui, là c'est déjà plus embêtant !
essaye de démarrer avec une disquette de démarrage et fait chkdsk/f.
Le problème vient certainement de "fichiers croisés" (je sais plus le terme exact). Tu risques certainement de perdre quelques fichiers. t'as plus qu'a croiser les doigts pour que ce ne soit pas des fichiers systèmes.