Trouvé, en passant par la base de registres
Il faut faire un export de la branche "HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Multimedia\Sound Mapper" (voire juste de la clef "Playback" si la source de l'enregistrement est toujours le même) pour chaque source audio
Via le panneau de configuration (mmsys.cpl), on sélectionne la première source, on exporte la clef, on sélectionne la seconde et on exporte la nouvelle clef
On change la clef de registre, redémarre l'application et roule