Les systèmes Windows (98/95/NT) ne peuvent reconnaître qu'une seule partition primaire sur le disque, et une partition étendue avec des lecteurs logiques. Si par exemple, vous avez deux partitions primaires formatées en FAT16, et une partition étendue avec des lecteurs logiques, Windows ne reconnaîtra pas la seconde partition primaire. Il reconnaîtra uniquement la première (où il est installé) et les lecteurs logiques de la partition étendue. Si vous désirez avoir plusieurs partitions primaires, vous serez obligé de les cacher, de manière à n'en avoir qu'une seule de disponible à chaque fois. Une partition peut être cachée ou affichée à l'aide d'utilitaires comme Partition Magic de Powerquest.