Met tout en NTFS, ce sera plus sûr... Sauf si tu crashes ton système, auquel cas il te faudra un moyen de lire la NTFS si tu veux récupérer quelques miettes (style Linux, ou un autre Win 2K/XP).
Sinon, il me semble qu'en général, les performances sont meilleures lorsque les partition sont en FATxx, mais évidemment, il y a l'inévitable limite de taille des fichiers en FATxx, rapidement atteinte en utilisation vidéo...
---------------
Proverbe chinois : << frappe toi la tête contre une cruche ; si tu perçois un son creux, n'en déduit pas que c'est nécessairement la cruche qui est vide >>