Je ne comprends pas vraiment. Si tu appliques wavgain, tu modifies le niveau sonore (c'est le but). Or si tu ne perçois pas de différence d'avec le fichier d'origine, c'est que la modification de gain opérée est inutile.
Le problème majeur de ta modification est qu'il te sera impossible de jamais retrouver le niveau d'origine de tes fichiers. Tous tes fichiers seront à 89 dB, mais si un jour tu souhaites annuler tes modif, tu es bon pour tout reripper (ReplayGain au contraire permet aisément de retrouver le niveau originel de tes fichiers). Accessoirement, ce changement de gain implique un recodage des données, et provoque d'infime erreurs - ce qui n'est normalement peu voire pas gênant, sauf que ce procédé entre en contradiction avec la finalité attendue du lossless, qui signifie absence de perte et implique logiquement une identité parfaite avec le CD source. Cette identité est irrémédiablement perdue avec WavGain.
Sincèrement, je ne comprends pas le but de ta manoeuvre. WavGain est surtout utile pour profiter en partie de ReplayGain sur des appareils qui ne le supportent pas. Ta manip serait utile si par exemple tu disposais d'un lecteur autonome décodant FLAC et ne supportant pas ReplayGain. Mais comme ton but est de convertir tes FLAC en un autre format après modification du gain, tu devrais utiliser des méthodes plus simples et plus avantageuses (FLAC + ReplayGain => MP3/Vorbis avec prise en compte du mode RG choisi ; cf. foobar2000 ou encore OggDropXPd)