Avant de m'embarquer dans une modification hasardeuse et probablement inutile de fichiers flac, j'essaierais de diagnostiquer le problème... 
Je dis "probablement inutile" car un soft compatible flac bien écrit se base sur une bibliothèque standard et donc une recompression ne devrait donner qu'un autre fichier très similaire et tout aussi "incompatible" (si tant est que le fichier initial soit incompatible).
Si tu jettes un œil à la doc Pio, tu vois que le format flac n'est dispo que depuis l'USB; exit donc le CD et le smartmachin connecté en USB (du reste, flac et iTruc, pas glop et comme Pio te dit aussi "pas MTP" (cf. ton fichier image joint), probablement adieu Android aussi).
Si tu as rippé tes CD, tu as des flac en 16 bits/44100 Hz stéréo et une fois copiés sur une clé USB formatée en FAT32 (FAT12 et FAT16 également supportés mais pour 50 Go, c'est pas bon), ils devraient être lus sans problème.
Si tes fichiers sont des fichiers qualifiés de "HD audio" ou multicanaux, alors clairement ils ne sont pas compatibles avec ton autoradio et seulement là, une modification des fichiers s'impose. La question de conserver le flac comme format également, d'ailleurs...
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