Il y a un tas de moyens de faire ça, je crois qu'un des plus simples c'est Avidemux : tu mets "copy" pour l'image, tu changes le format pour le son et tu choisis le format de sortie (conteneur mp4, mkv ...).
Cela dit je suis étonné que tu ne puisses pas lire de l'ac3, c'est un des formats les plus courants. Il y a peut-être un souci d'encodage avec ta vidéo.