Parce que tu initialise tes variables en dehors de ta fonction ou tu ne les passes pas lors de ton appel  donc finalement tes deux variables $a et $b sont initialisé à NULL donc égal.
Pour résoudre ce problème :
J'ai changé les noms de tes variables à l'entrée de ta fonction en $c, $d pour faire voire ton erreur
 
function toto($c,$d) {  
return ($c==$d);  
}  
 
$a = 5;  
$b = 6;  
if (toto($a,$b))  
 echo "TRUE";  
else  
 echo "FALSE"; 
 
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Le Logiciel est là :