Peut-on appeler une fonction PHP dans un corps JavaScript ?

Non, pas dirextement. Le php s'execute coté serveur, donc lorsque le client voit la page le php à deja terminer son travail.
Tout ce que tu peux faire ces loader (avec ton javascript) une nouvelle page php qui lancera ta fonction.

Bon j'explique mon but:
 
J'ai un formulaire.
  Dedans, j'ai deux listes à sélection simple:
 
  1) une qui va chercher dans une BD toutes les valeurs qu'elle
  pourra prendre.
  2) une autre dont les valeurs qu'elle pourra prendre devra
  dépendre de la valeur sélectionnée en 1)
 
  Ceci pouvant se faire en capturant l'événement onChange en 1)
 
Je voudrais éviter de recharger une page parce que ça fera trop lourd. N'y a-t-il vraiment pas moyen de faire ça ?

A oui, en plus, il y aura un nombre indéfini de couple de liste à sélection simple.

Je ne vois pas d'autre méthode, non. A partir du moment où ta page est générée en fonction du contenu d'une base de donnée, elle ne peut l'être que par le serveur. Donc allez-retour obligatoire pour mettre à jour la page.