Ce doit être faisable si tu connais les noms de tous tes pop-ups.
En supposant que tes pop-ups ont pour nom de fenêtre (spécifié dans le window.open) "popup1", "popup2", "popup3", tu écris dans le code HTML de la page de la fenêtre popup1:
<BODY onUnload="popup2.close(); popup3.close();">
...
</BODY>
Je n'ai pas testé, mais a priori ça doit être ça.