A koi correspond le caractere ^M quand j'envoie mon fichier sous linux.
Comment enlever ce caractere ?

C'est pasque ton fichier à été édité sous windows.
Sous linux les fins de lignes c'est "\n" et sous windows "\r\n".
donc les ^M sont les \r.
 
Tu peux les laisser ça gène pas en principe.
sinon ya 1 commande dos2unix pour les virer