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Doute sur une expression régulière

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Auteur	Sujet : Doute sur une expression régulière

stansoad0108

Bonjour à tous,

Simple doute, donc simple question sur les regex :
Dans un de mes documents, je retrouve des phrases sous la forme : "Leu/Leu" ou "Pas/Pas" ou "Tir/Tir"..."Xxx/Xxx"

Je ne trouve pas une expression régulière pour les récupérer. Il faudrait dire
que les 2 chaînes de caractères sont identiques, commençant par une majuscule, composées de 3 lettre et séparées par un "/".

Il faudrait completer cette expression : (en faisant en sorte que ces 2 chaines de caractères soient identiques !!)
$S =~ /^[A-Z]{1}[a-z]{2}\/[A-Z]{1}[a-z]{2}$/

Merci pour vos commentaires

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anapajari

s/travail/glanding on hfr/gs;

/^([A-Z][a-z]{2})\/\1$/

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Software and cathedrals are much the same - first we build them, then we pray.

stansoad0108

Merci pour ta réponse.

Mais cela dit, j'ai remarqué dans ma page html, les informations du type : "Xyz/Xyz"...sont ancrées dans des balises avec pour mise en forme :

Code :

Code :

<td>
Asp/Asp
</td>

On y retrouve des sauts de lignes et tabulations !! Pouvez vous ainsi m'aider pour créer l'expression régulière pour récupérer cette informations

Idées ???
Code :

Code :

$s =~ m/^\n\n\t([A-Z]{1}[a-z]{2}\/[A-Z]{1}[a-z]{2})$/

ou
Code :

Code :

$s =~ m/^\n\n\t([A-Z][a-z]{2})/\1

Merci

Message édité par stansoad0108 le 03-04-2008 à 14:45:20

anapajari

s/travail/glanding on hfr/gs;

vire le ^ (et le $ au passage) au debut de la regex, c'est lui qui te pose problème:

/([A-Z][a-z]{2})\/\1/

Message édité par anapajari le 03-04-2008 à 15:09:18

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stansoad0108

Bonjour,

J'ai bien rajouté ta réponse dans mon programme; cela fonctionne, mais dans ma console on m'imprime toujours :

Code :

Amino Acid Translation : Leu/Leu

Je voudrais à présent enlever cette tabulation...
J'ai même essayé de rajouter ($text =~ s/\n/ /g pour tenter de supprimer les tabulations, mais cela m'affiche comme ci dessus

Pouvez vous m'aider
Merci

Message cité 1 fois

anapajari

s/travail/glanding on hfr/gs;

stansoad0108 a écrit :

Bonjour,
J'ai bien rajouté ta réponse dans mon programme; cela fonctionne, mais dans ma console on m'imprime toujours :

Code :

Amino Acid Translation : Leu/Leu

fait voir le reste du code

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stansoad0108

D'accord, mais je te préviens, il est assez long...

Ce n'est pas si grave, si dans ma console, j'ai des tabulations....Donc ne te casses pas la tête pour ca !!!

Code :

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use HTML::Parser;
use LWP::Simple;
#Variables
my $baseurl = 'http://www.pharmgkb.org/views/reports/loadVariantReports.action?geneId=';
my $flag = 0;
die "usage: $0 role code\n"
if @ARGV != 1;
my $code = $ARGV[0];
print "$code\n";
#Page URL où parser
my $url = $baseurl.$code;
my $page = get($url);
print "$url\n";
#Tableau où sera ranger le menu :
my @tab_menu=@_;
#Parser
my $parser = HTML::Parser->new(start_h => [\&start_rtn,"tag, attr"],
text_h => [\&text_rtn, "text"],
end_h => [\&end_rtn, "tag"]
);
#****************************************************************************************
sub start_rtn {
my ($tag, $attr) = @_;
#$Flag = 1 (Titre)
if ($tag =~ /^title$/){
$flag = 1;
}
#$Flag = 2 (Menu)
if($tag =~ /^th$/){
$flag = 2;
}
#$Flag = 3 (GP Position)
if ($tag =~ /^a$/
and defined $attr->{href}
and $attr->{href} =~ /^\/redirect\.jsp\?p=http%3A%2F%2Fgenome\.ucsc\.edu%2Fcgi-bin%2FhgTracks%3Fposition%3D/
and defined $attr->{target}
and $attr->{target} =~ /^offsite$/){
$flag = 3;
}
#$Flag = 4 (dbSNP Id)
if ($tag =~ /^a$/
and defined $attr->{href}
and $attr->{href} =~ /^\/redirect\.jsp\?p=http%3A%2F%2Fwww\.ncbi\.nlm\.nih\.gov%2Fentrez%2Fquery./
and defined $attr->{target}
and $attr->{target} =~ /^offsite$/){
$flag = 4;
}
#$Flag = 5 (Variant)
if ($tag =~ /^a$/
and defined $attr->{href}
and $attr->{href} =~ /^\/views\/reports\/loadVariantReport/){
$flag = 5;
}
#$Flag = 6 (Feature / Amino Acid Translation / Number of Chromosomes / Assay Types)
if ($tag =~ /^td$/){
$flag = 6;
}
#$Flag = 8 (Frequency)
if ($tag =~ /^a$/
and defined $attr->{href}
and $attr->{href} =~ /^\/views\/reports\/loadFrequencyInSampleSets/){
$flag = 7;
}
#$Flag = 9 (View == FIN)
if ($tag =~ /^a$/
and defined $attr->{href}
and $attr->{href} =~ /^\/views\/reports\/loadSampleAlleles/){
$flag = 9;
}
}
#*****************************************************************************************
sub text_rtn {
my ($text) = @_;
$text =~ s/\n/ /g;
#$Flag = 1 (Titre)
if($flag == 1){
print "Le titre : $text \n";
}
#$Flag = 2 (Menu)
if($flag == 2){
push(@tab_menu, $text);
}
#$Flag = 3 (GP Position)
if($flag == 3){
print "GP POSITION : $text \n";
}
#$Flag = 4 (dbSNP Id)
if($flag == 4){
my $base_URL_dbSNP_Id = 'http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=snp&cmd=search&term=';
my $url_dbSNP_Id = $base_URL_dbSNP_Id.$text;
print "dbSNP Id : $text /// $url_dbSNP_Id\n";
}
#$Flag = 5 (Variant)
if($flag == 5 && $text =~ /^[^0-9]\/.+$/){
print "Variant : $text \n";
}
#$Flag = 6 (Feature)
if($flag == 6 && (($text eq 'Exon') || ($text eq 'Intron') || ($text eq 'NA') || ($text =~ /^[0-9]' UTR$/))){
print "Feature : $text\n" ;
}
#$Flag = 6 (Amino Acid Translation)
if($flag == 6 && ($text =~ /^[A-Z]{1}[a-z]{2}\/[A-Z]{1}[a-z]{2}$/) || ($text =~ /^[A-Z]{1}[a-z]{2}$/) || ($text =~ /^\s[^0-9]+\/[^0-9]+$/)){
$text =~ s/\n/ /g;
print "Amino Acid Translation : $text\n";
}
#$Flag = 7 (Frequency)
if($flag == 7){
print "Frequency : $text\n";
}
#$Flag = 6 (Number of Chromosomes)
if($flag == 6 && ($text =~ /^[0-9]/ && $text ne '3\' UTR' && $text ne '5\' UTR')){
print "Number of Chromosomes : $text\n";
}
#Flag = 6 (Assay Types)
if($flag == 6 && (($text =~ /^[A-Z]{1}[a-z]{3,}$/ || $text =~ /^[A-Z]{1}[a-z]{3,}, [A-Z]{1}[a-z]{3,}$/) && $text ne 'Exon' && $text ne 'Intron'
&& $text ne 'View' && $text ne 'Queries' && $text ne 'Drugs' && $text ne 'Genes' && $text ne 'Diseases' && $text ne 'Pathways')) {
print"Assay types : $text\n";
}
#$Flag = 9 (View == FIN)
if($flag == 9){
print"* * * * * * * * * * * * * *\n";
}
}
#******************************************************************************************
sub end_rtn {
my ($tag) = @_;
#$Flag = 1 (Titre)
if ($tag =~ /^\/title$/){
$flag = 0;
}
#$Flag = 2 (Menu)
if ($tag =~ /^\/thead$/){
my $Text_menu = join("\n ", @tab_menu);
print"===> MENU : \n $Text_menu\n";
$flag = 0;
print "****************\n";
}
#$Flag = 3 (GP Position)
if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag == 3)){
$flag = 0;
}
#$Flag = 4 (dbSNP Id)
if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag == 4)){
$flag = 0;
}
#$Flag = 5 (Variant)
if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag == 5)){
$flag = 0;
}
#$Flag = 6 (Feature / Amino Acid Translation / Number of Chromosomes / Assay Types)
if ($tag =~ /^\/td$/ && ($flag == 6)){
$flag = 0;
}
#$Flag = 8 (Frequency)
if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag == 7)){
$flag = 0;
}
#$Flag = 9 (View == FIN)
if ($tag =~ /^\/a$/ && ($flag == 9)){
$flag = 0;
}
}
#*******************************************************************************************
#start parsing
$parser->parse($page);
#end parser
$parser->eof;
#FIN PROGRAMME !!!

Et je te donne une partie de ma console finale :

Code :

PA50
http://www.pharmgkb.org/views/repo [...] eneId=PA50
Le titre : PharmGKB: Variants in APOB
===> MENU :
GP Position
dbSNP Id
Variant
Feature
Amino Acid
Translation
Frequency
Number of
Chromosomes
Assay Types
Flags
Data
****************
GP POSITION : chr2:21077927
dbSNP Id : rs12720763 /// http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/ [...] rs12720763
Variant : G/T
Feature : 3' UTR
Frequency : 98.89%/1.11%
Number of Chromosomes : 90
Assay types : Sequencing
* * * * * * * * * * * * * *
GP POSITION : chr2:21078348
dbSNP Id : rs12713450 /// http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/ [...] rs12713450
Variant : C/T
Feature : Exon
Amino Acid Translation : Thr/Met
Frequency : 97.87%/2.13%
Number of Chromosomes : 94
Assay types : Sequencing
* * * * * * * * * * * * * *
GP POSITION : chr2:21079015
dbSNP Id : rs12713457 /// http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/ [...] rs12713457
Variant : C/T
Feature : Exon
Amino Acid Translation : Leu/Leu
Frequency : 98.94%/1.06%
Number of Chromosomes : 94
Assay types : Sequencing
* * * * * * * * * * * * * *
.....
.....
.....

anapajari

s/travail/glanding on hfr/gs;

Tout d'abord tu n'as pas utilisé la regex que je conseillais c'est dommage par exemple "Leu/Too" sera matché alors que ça devrait pas.
La tienne est vraiment pas terrible en plus.

Ensuite, tu n'affiches pas la partie de texte qui correspond à ta recherche mais l'intégralité de "la ligne" où ta pattern a été rencontrée.
Par exemple si tu as dans $text:

toto titi tata Leu/Leu tiitii taataa tootoo

et bien tu afficheras

Amino Acid Translation : toto titi tata Leu/Leu tiitii taataa tootoo

c'est ce morceau de code qui va pas:

Code :

#$Flag = 6 (Amino Acid Translation)
if($flag == 6 && 
 (
  $text =~ /^[A-Z]{1}[a-z]{2}\/[A-Z]{1}[a-z]{2}$/) || 
  $text =~ /^[A-Z]{1}[a-z]{2}$/ || 
  $text =~ /^\s[^0-9]+\/[^0-9]+$/
 )
){
  $text =~ s/\n/ /g;
  print "Amino Acid Translation : $text\n";
}

Le plus simple reste peut être de virer les tabs de $text au même endroit que tu enlèves les retours à la ligne (l96):

Code :

$text =~ s/[\n\t]//g;

note: tout ça pourrait être ré-écrit en 5 fois moins de ligne et 10 fois plus clair, mais vu que ça a l'air de faire ce que tu veux on va pas se compliquer la vie

Message édité par anapajari le 04-04-2008 à 14:46:53

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stansoad0108

C'est bon j'ai rajouté ton expression dans ma sub text_rtn..Ca fonctionne

Merci

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