Désolé, je ne comprends pas bien la question.
J'ai l'impression qu'il y a plusieurs questions et que tout est un peu mélangé, donc je fais le tri tel que je l'imagine :
1. Faut-il mieux inclure du PHP dans de l'HTML, ou faire l'inverse, inclure du HTML dans du PHP ?
C'est une question classique et intéressante néanmoins.
Quand on regarde des exemples pour débutants, on voit souvent une page HTML presque complète avec juste un petit peu de PHP au milieu.
Mais, dans le monde professionnel, on voit beaucoup plus souvent une page PHP qui inclut de l'HTML.
Au début du programme, il y a un test pour connaître les paramètres $_POST et/ou $_GET.
En fonction de ces paramètres, le programme créera tel ou tel type de page HTML.
2. Faire des menus
C'est un sujet à part entière, qui est malheureusement assez complexe parce qu'il n'y a pas de standard, et parce qu'il fait nécessite une interaction particulière entre le poste client et le serveur.
Il faudrait étudier le cas particulier de votre menu.
3. URL rewriting
C'est aussi un sujet à part entière.
Mais peut-être que vous n'avez pas besoin de vous en préoccuper dans le cas des menus, car il suffirait de mettre un chemin relatif plutôt qu'une URL entière.