Un moteur de recherche (ou même un utilisateur lambda avec son navigateur), n'a aucun moyen de déterminer si tel ou tel bloc de code provient d'un include ou non.
Travaille plutôt les balises <title> de chacune de tes pages, mets des mots-clé dans ton contenu et obtiens des liens vers ton site, voilà quelques pistes pour améliorer le référencement (en gros c'est avant tout celui de Google qui compte hein).
