Il me semble que tu peux envoyer tes propres commandes ftp via une fonction php.
Alors meme si la fonction ftp_chmod n'existe pas, rien ne t'empeche de la creer toi.
Regarde le protocole FTP tu devrais trouver le chmod sans probleme.
Sinon, tu n'es pas obliger de creer les miniatures dans les repertoires.
Perso je prefere n'avoir qu'un seul repertoire avec des droits "dangereux". Je te conseillerais plutot de dedier un repertoire pour tes miniatures, comme ca tu n'as plus que gerer toi meme les droits sur ce rep.