Ben tu peux ouvrir un .jar avec winrar par exemple (enfin je crois). En fait le .jar n'est qu'une archive (comme un zip ou un tar) contenant des fichiers .class, un fichier .manifest, avec une arborescence spécifique. Tu peux donc modifier à loisir le contenu de ton .jar, mais ca risque de pas t'avancer à grand chose, et tu prends le risque que java ne reconnaisse plus ce .jar comme valide.
Donc après ca depends de ce que tu veux faire exactement.