la bonne façon c'est de fournir les jars separés, le tout dans un tgz.
dans le cas d'une appli standalone, pour peu que les licenses des jar te le permettent, tu peux utiliser uberjar pour packager le tout.
dans le cas d'appli web, j2ee t'as les formats specifiques war et ear..
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Hey toi, tu veux acheter des minifigurines Lego, non ?