Je sais pas quelle est la meilleure "methode", mais en voila 2 :
1) Coder tout le site en xhtml strict, une fois que ce dernier valide, alors on commence a s'interesser aux differences entre les navigateurs.
2) Coder petit a petit, et verifier a chaque fois si le rendu est identique. Ne valider qu'a la fin.
Personellement je conseille la 1ere methode, mais je ne sais pas si cette derniere est la "meilleure". Au moins avec la premiere methode on est sur que le code valide, et donc on a pas de "mauvaise surprise" lorsque l'on essaye de valider son site.
En effet dans la 2e methode, il se peut que l'affichage soit identique a cause d'un bug ou a cause de la non validitee du code et du coup lors de la validation les problemes reviennent.
Donc personellement je te recommande de premierement t'occuper du code et de sa validantion. Une fois cette etape effectuee tu pourras t'ataquer aux CSS et a la difference entre les navs.