Renseigne toi sur htaccess.
Je viens de proteger un site avec ce système. Je ne peux pas davantage t'aider car c'est mon collègue qui l'a mis en place.
Mais ce n'est pas bien dur.
Tu trouvera des exemple avec google ^_^
Tu place les fichiers sur ton ftp, et tout les dossiers du meme niveau et inferieur sont protégés.