Parce que le root n'est pas autorisé par défaut à se logger en session graphique. Tu utilises quoi comme gestionnaire de session? XDM, KDM ou GDM ?
De toutes façons, se logger en root en session graphique, c'est mal(TM)
Si tu veux être root, d'abord, logges-toi en utilisateur normal, puis, dans un shell, tape
~$ su -
Ca va te demander le mot de passe du root, et tu auras donc un shell root.