il me semble que l'outil de partitonnement de la Mdk 7.0 permet de créer des partitions Fat32. Il aime pas trop quand il y a pas de partition / mais il me semble qu'on peut passer outre, puis un reboot massif et l'install de windows devrait formater la partition.
Sinon, en boutant sous Linux, tu doit pouvoir refondre toutes tes partitions en utilisant fdisk, enfin je crois