Sauf si t'as des dumps déjà créés, il n'y aucun moyen pour toi d'obtenir une sauvegarde.
Si t'as base est arrêtée (ou sans activité au pire) et que tu as toujours ton compte root, tu peux quand même essayer d'aller copier ton /var pour reprendre les bases ouvertes. Faudra certainement faire un mysqlcheck .
Mais bon, si tu t'es fais complètement baisé (comment d'ailleurs t'as réussi à te faire piquer ton root), y a rien à garantir sur ce que tu vas récupérer, l'attaquant a pu mettre n'importe quelle merde / porte dérobée / etc dans ta base.