C'est même mieux sur deux disques !
Windows sur le disque maître comme s'il était seul sur le PC.
Le boot manager et linux sur le disque esclave.
Tu configure le bios pour booter sur le disque esclave donc sur le bootmanager qui te proposera linux ou windows.
Dans cette config, windows peut pas casser le bootmanager même si tu réinstalle windows par la suite.
De plus,les deux disques sont bootables ce qui est bien pratique en cas de panne.