alors là n'ayant pas de 64bits, je peux pas trop t'aider .. google ?
pour ce qui est de tomcat, en fait ça m'étonne ton truc, parce que normalement tu configures eclipse pour lui dire où est ton tomcat, mais c'est lui qui s'occupe de le lancer comme un grand, avec les arguments qui vont bien pour qu'il puisse le surveiller ... il n'appelle pas le script init.d ou un truc du genre, donc a priori pas besoin d'être root ...