10 s ? updatedb, c'est plutot 3-4 minutes que ca gratte le hdd et que ca fait ramer un peu les jeux.
Ca doit etre autre chose qui fait ramer un peu ta machine, ca peut etre le swapping ou qq chose comme ca. Il faut que tu check tes processus en memoire quand cela arrive pour determiner la cause.
A quel frequence cela arrive ?
Accesoirement, regarde si le DMA est bien active sur le hdd. (man hdparm)