Bah si ils sont connectés à Internet c'est qu'il y a un réseau entre eux
Pour le FTP, sont but c'est de transférer des fichiers seulement.
D'autres outils ont été développé pour faire des backup (rsync par exemple qui permet de synchroniser 2 répertoires situés soit sur le meme équipement, soit séparé par un réseau. Ca sera beaucoup plus light. Si tu veux vraiment du cryptag tu utilises ssh pour créer un tunnel et tu fais passer rsync dedans. La méthode est décrite dans le manuel de rsync.