Avec du retard, je poste la solution (qui effectivement était très simple une fois qu'on savait qu'il fallait utiliser les .m3u )
Bref, il faut créer un .txt au nom du jeu qu'il faut renommer en .m3u. A l'intérieur de ce fichier, ajouter deux lignes de texte représentant le nom des deux faces.
Un exemple concret trouvé sur le wiki:
Example: Alive (F).m3u (nom du jeu)
Et dans ce fichier .m3u, ces deux lignes:
Alive (F) - Disk 1A.dsk
Alive (F) - Disk 1B.dsk
Il faut tout simplement lancer le .m3u (au lieu du .dsk) et changer de face quand demandé