J'ai également une msi z390, j'ai la v1.2 dont tu parles et je n'ai aucun problème.. si tu peux accéder au bios ce n'est pas un bad flash.
A mon avis, le flash bios a remis les valeurs par défaut du bios et donc pas de boot windows (vérifie l'ordre de boot des périphériques, bios uefi où legacy car ça peut poser problème avec un ssd nvme)