As-tu pensé à un PIC Microchip, les modèles 16 bits sont supportés par GCC. J'ai eu l'occasion d'en utiliser un pour un système embarqué, ça marche bien. Par contre la liaison est série, mais c'est plus que suffisant pour implanter le programme ou rapatrier des données.
Cependant, il ne faut pas négliger les "vieux" µC 8bits (j'ai souvent utilisé les 68HC11) qui conviennent largement aux applications que tu cite. Aussi, la compatibilité avec un langage ne dépend pas du µC mais du compilateur utilisé. Si le compilateur sait produire du code exécutable pour une processeur donné, ça roule. De plus, GCC est un très bon compilateur, il est présent en standard sur tous les systèmes Linux notamment, je te le conseille vivement.