En tapant le nom de ta carte dans Google, on arrive tout de suite à ses spécifications sur le site d'Asus :
https://www.asus.com/fr/Motherboard [...] fications/
La réponse y est écrite noir sur blanc :
Intel® Z97 chipset :
1 x port(s) SATA Express,
1 x socket M.2 3,
4 x port(s) SATA 6 Gb/s, [gris]
Support Raid 0, 1, 5, 10
Support des technologies Intel® Smart Response, Intel® Rapid Start, Intel® Smart Connect
Contrôleur ASMedia® PCIe SATA : *4
2 x port(s) SATA 6 Gb/s, [noir]
Donc tu as bien 6 ports SATA3, dont 2 sont gérés par un contrôleur ASMedia. A priori mieux vaudrait utiliser un des 4 ports gris, ils sont gérés par le contrôleur Intel et supposément plus fiables. Tu peux connecter ton SSD sur n'importe lequel d'entre eux.
J'imagine que c'est dû au fait que ton chipset Z97 ne sait gérer que 4 ports, et qu'Asus a voulu en mettre 6 sur cette carte mère, d'où le deuxième contrôleur.